果蔬經過冷卻後，即可送入水果冷庫冷藏。冷藏溫度與相對濕度均要保持穩定，最好在吸入管線上裝有恒壓閥，不得有較大的波動，否則將直接影響果蔬的呼吸作用，如溫度過高，相對濕度過大，將使果蔬的呼吸作用加快，引起它的變質腐爛。

同時，也會使果蔬“出汗”，在其表麵呈現水滴而有利於微生物的生長繁殖，不耐貯藏；溫度過低，相對濕度過小，又會引起凍傷果蔬，發生低溫病害，且使果蔬幹縮 (如蘿卜出現空心)。所以，一般果蔬冷卻的冷藏溫度在1~-1℃之間，相對濕度對水果一般要求在90-95%，在蔬菜一般要求在85-90%。如果相對濕度過低，可在鼓風機前配備自動噴霧器，清潔的水隨冷風形成細微小的霧狀噴向水果冷庫的空氣中，以調節其空氣濕度，也可向冷藏間噴灑清水或在包裝容器上蓋上澆濕的草席。如果相對濕度過高，可在冷間牆角處放些吸濕性的物質。如塊石灰、無水氯化鈣、幹燥的木炭等，以減少濕度。

水果冷庫的空氣流速不宜過大，一般采用自然循環。果蔬在冷藏庫期間，由於呼吸作用將放出二氧化碳，當空氣中積存過多的二氧化碳(12-15%)時，就能促進果蔬的缺氧呼吸，產生許多不完全分解的，如乙醇，乙酮和丙酮酸等中間產物，使果蔬細胞組織發生中毒現象(二氧化碳生理毒害)，加速果蔬的衰老和死亡，致使果蔬不能長期醛藏。因此，水果冷庫內裝有通風管道，以便冷藏期間進行通風換氣，排除庫內過量的二氧化碳，換進新鮮空氣。通風次數和時間不宜過多和過長，否則將加速果蔬的呼吸作用，從而縮短其冷藏時間。